PDFs sind lustige Kreaturen, da Postscript eine sehr "fette" Sprache ist. Das gleiche PDF kann auf verschiedene Arten geschrieben werden. Ich würde sagen, dass der zusätzliche Code wahrscheinlich ein Klebercode ist, um diese drei Dokumente zusammenzufügen, und zusätzliche Bits, die von einem beliebigen Dienstprogramm platziert wurden, um die drei zu kombinieren.
Der beste Weg, dies zu beseitigen, besteht darin, die PDF-Datei in Acrobat Professional ( not Reader) zu öffnen und über den Befehl "Dateigröße reduzieren ..." auszuführen. Dadurch werden toter oder unnötiger Code entfernt, Schriftarten optimiert (wenn zwei Instanzen derselben Schriftart vorhanden sind, wird die PDF-Datei so umgeschrieben, dass nur eine Instanz vorhanden ist) und dergleichen.
Ghostscript hat wahrscheinlich eine Funktion, die etwas Ähnliches tut, aber ich bin mir nicht sicher, welche das sein würde.